W grudniu 1991 r. ówczesny metropolita katowicki Abp Damian Zimoń wyraził zgodę na utworzenie w Tychach placówki zakonnej, ale z podjęciem duszpasterstwa parafialnego. Usytuowaniem miejsca pod ośrodek duszpasterski, za sugestią Prezydenta Miasta i zgodą metropolity, był „Dom Harcerza”, należący do parafii św. Marii Magdaleny, mieszczący się przy ulicy Paprocańskiej nr 90 oraz dzierżawa działki przyznanej 18.01.1995 r. na postawienie tymczasowej kaplicy przez Radę Miejską. Pismo metropolity zalecające zorganizowanie parafii i utworzenie punktu sakralnego pochodzi z 25.08.1995 r. Od „Pasterki” 1995 r. w przygotowanej tymczasowej kaplicy zaczęto regularnie odprawiać Msze święte.
Poświęcenie tymczasowej kaplicy i klasztoru przy ulicy Paprocańskiej nr 90 przez ks. Abpa Damiana Zimonia nastąpiło 23.04.1996 r. Dekret ustanawiający parafię św. Franciszka i św. Klary z tymczasową kaplicą jest datowany na dzień 16.05.1996 r. Kanoniczne erygowanie domu zakonnego przez prowincjała nastąpiło 10.12.1998 r.
W maju 1999 r., za zgodą metropolity, postanowiono zmienić miejsce budowy kościoła. Nowa lokalizacja jest usytuowana przy rozwidleniu ulic Paprocańskiej i Przemysłowej na działce, którą dotychczasowi właściciele przepisali parafii 11.06.1999 r. Zaraz po tym wydarzeniu w Gliwicach podczas spotkania z Ojcem Świętym Janem Pawłem II został poświęcony kamień węgielny pod nowy kościół. Poświęcenia placu budowy dokonał ks. biskup Stefan Cichy w dniu 04.10.1999 r. W tym samym roku na placu budowy zorganizowano Żywą Szopkę. Pomysłodawcą był architekt mgr inż. Stanisław Niemczyk. Do dnia dzisiejszego na przełomie grudnia i stycznia (z kilkuletnią przerwą) organizowana jest szopka bożonarodzeniowa z żywym zwierzętami. Atrakcją spotkań jest wspólne kolędowanie. Podczas ostatniej pielgrzymki papieża Jana Pawła II do Polski w dniu 18.08.2002 r. na Błoniach w Krakowie został poświęcony pamiątkowy kamień do kaplicy Miłosierdzia Bożego.
Dnia 4.05.2026 r. minęła 26 rocznica rozpoczęcia budowy kościoła i klasztoru. Rozpoczął się zatem 26 rok budowy tej świątyni. Klasztor w Tychach należy do jednej z 5 prowincji franciszkańskich w Polsce, dlatego ważne decyzje związane np. z poświęceniem nowego kościoła, zapadają w Kurii Prowincjalnej.
Dnia 16.05.2021 r. parafia obchodziła 25-lecie istnienia. Uroczystościom przewodniczył ks. Abp Wiktor Skworc, metropolita katowicki.
Od października 2023 roku budowniczym kościoła został o. Robert Makulski.
Po śmierci Stanisława Niemczyka w maju 2019 r. architektem został Robert Wojtecki.
W 2026 roku nasza parafia obchodzi 30 rocznicę erygowania parafii. W niedzielę 17 maja 2026 r. ks. Abp Wiktor Skworc odprawi Mszę św. dziękczynną za dar parafii franciszkańskiej w Tychach i kościół jubileuszowy, który dekretem z 8 marca 2026 r. został ogłoszony przez ks. Abpa Andrzeja Przybylskiego, metropolity katowickiego z okazji Roku św. Franciszka.
W niedzielę 7 czerwca 2026 r. od godz. 16.oo do 21.oo odbędzie się PIKNIK RODZINNY na terenie kompleksu klasztornego.
Warto też zaznaczyć, że 4 października 2026 r. minie 800 lat od śmierci naszego Zakonodawcy - św. Franciszka z Asyżu.